Specjalną kategorią kosztów w rachunku zysków i strat jest amortyzacja środków trwałych. Amortyzacja to nic innego jak wyrażona kwotowo równowartość zużycia środków trwałych (środkiem trwałym są te narzędzia i urządzenia, których wartość jednostkowa w chwili zakupu przekraczała wartość 3 500,00 zł). Amortyzację przeprowadza się tylko w przypadku opodatkowania na zasadach ogólnych, lub wedle podatku liniowego. W przypadku ryczałtu lub karty podatkowej podatnik nie może amortyzować tego typu kosztów.

Dla przykładu – dokonując zakupu komputera o wartości 4 000,00 zł, jesteśmy zobligowani do wpisania go w ewidencję środków trwałych. Jednocześnie tylko pewną część poniesionego wydatku, możemy wrzucić sobie w danym miesiącu w koszta i odliczyć od przychodu określając podstawę opodatkowania w zakresie podatku dochodowego. Logika amortyzacji wygląda w sposób następujący: Jeżeli dokonujemy zakupu danej rzeczy (dotyczy również wartości prawnych i materialnych), to rzecz ta posiada określoną wartość, i możemy ją w każdej chwili spieniężyć. Dopiero utrata tej wartości na skutek eksploatacji owej rzeczy – stanowi nieodwracalnie ponoszony koszt.

Tak więc amortyzując środki trwałe, dokonujemy comiesięcznych odpisów w kwocie stanowiącej pewną cześć kwoty zakupu owego środka trwałego. Stawka amortyzacyjna określana jest przez Klasyfikację Środków Trwałych ustaloną w rozporządzeniu Rady Ministrów z dnia 10.12.2010 r. W przypadku komputera stawka amortyzacyjna wynosi 30% – co oznacza, iż w ciągu roku kalendarzowego w koszty prowadzenia działalności możemy wrzucić 30% ogólnej wartości tego środka trwałego. Tym samym miesięczny odpis amortyzacyjny wyniesie w tym przypadku 100,00 zł gdyż [(4000,00 zł x 30%)/12].

W przypadku dotacji z Urzędu Pracy mamy jednak do czynienia z pewnym wyjątkiem. Mianowicie nie można amortyzować środków trwałych zakupionych z dotacji, gdyż sama kwota dotacji jest zwolniona z podatku dochodowego, a amortyzacja tych środków dała by efekt podwójnego zwolnienia. Należy więc w wyjaśnieniach do rachunku wyników odpowiednio pogrupować środki trwałe (na zakupione z dotacji i zakupione ze środków własnych), oraz wyjaśnić w uzasadnieniu dlaczego amortyzowane będą tylko niektóre z nich.